Al centre de l'edifici, entre el quadrat marcat per les vuit columnes, a dos pams sota el sòl, s'ha descobert un pa de morter corbat que no continua més enllà; probablement és el fons de la pica baptismal. No s'han trobat canonades de plom ni de terrissa; la pica, com en el cas del baptisteri primitiu, s'omplia amb galledes. El desguàs era un rec fet en sec que tornava a la terra l'aigua beneïda.
El baptisteri era voltat d'una galeria exterior que l'unia amb la basílica, i així s'anava, sota cobert, de l'una a l'altra església en celebrar-se la complicada cerimònia del baptisme. Així eren molts baptisteris, especialment el de Kalat-Seman a Síria i els dels ortodoxos i dels arrians a Ravenna. Els nivells eren diferents: de la basílica es baixava al pas porticat i d'aquest al baptisteri mitjançant uns graons.
Sota l'absis hi ha una cripta que consisteix en un corredor amb els dos recons corbats, al centre del qual hi ha un santuari triconque. Davant seu es trobà un dels muntants de la fenestrella confessionis que prenia la llum de l'església superior. Unes finestres il·luminaven directament l'ara de l'altar. Avui la cripta fa la impressió d'una cella trichora catacumbàrica.
La cripta, reduïda com és, no es prestava a reunions de cap mena i podia servir sols per a contenir relíquies que es veneraven per la fenestrella.