Aquesta basílica de tres naus té un santuari major, de pla rectangular per fora, en arc de ferradura accentuat per dintre. Restes de dues arcades a cada costat del santuari indiquen l'existència de la prothesis i el diaconicon, probablement de plans circulars, però que hem cercat debades en les excavacions. El mur oriental que capçava les tres naus ens ha pervingut sencer. Els murs extrems del transsepte actual formaven part dels murs de les naus col·laterals; els restants els coneixem sols pels fonaments. L'arc triomfal del santuari, lleugerament de ferradura, era sostingut per dues columnes avui substituïdes per un massís de reble. La nau major és possible que fos sostinguda també per columnes. Queden restes dels fonaments en forma de creu, i s'ha trobat enterrada una base de columna i, en el lloc on aquells es conservaven, han aparegut restes d'un fust. Al carcanyol de la volta del santuari s'han trobat àmfores romanes de forma igual a les descobertes a les catedrals primitives de Barcelona i Tarragona, i al baptisteri d'Albenga.
Així, la basílica dels fidels d'Egara tindria una disposició semblant a la de les basíliques franceses de Vaison i de Valcabrère, i a la que probablement tenia la de Venasque. La basílica episcopal d'Egara en part caigué. Més tard fou transformada en una església amb pla de creu, amb cimbori, que fou consagrada en 1112. El mur que tancava la basílica per llevant és avui dia el mur del transsepte; l'absis principal fou conservat; els murs del peu de la creu ocuparen el lloc de les columnes entre la nau central i les col·laterals. La forma mudava, però els bisbes que consagraren l'obra en 1112 feren constar que l'aixecaven «prop de l'església parroquial de Sant Pere en el mateix lloc on antigament la Seu d'Egara.