La construcció de la cripta, excavada sota terra, va durar nou anys (del 1882 al 1891). Gaudí, que treballava amb el projecte de Francesc de P. Villar, només va poder acabar-la, ja que l'estructura ja estava fixada. Tot i això, va introduir-hi dues modificacions interessants, l'una en relació amb la conservació (es buida el terrer al voltant del mur exterior, per tal d'evitar les humitats) i l'altra en relació amb la llum (s'augmenta l'alçada de la volta fins a 10 m, perquè s'hi puguin obrir finestres superiors que deixin passar la claror i ventilin un espai soterrat). La seva empremta s'aprecia en múltiples decisions. Gaudí comença el seu programa de millorament del gòtic, de manera que l'espaiosa cripta de forma semi rodona (40 x 25 x 10 m en el punt més alt) deixa de ser estrictament neogòtica. Els capitells de les columnes passen a ser naturalistes, o els vitralls aconsegueixen vida pròpia amb els graciosos angelets que hi són representats, o les portes de roure de les sagristies són ennoblides amb aplicacions de ferro forjat i daurat, o Gaudí mateix dibuixa un mosaic policromat d'estil romà per al paviment central amb motius animals i vegetals. Igualment els confessionaris, les llànties de les capelles, els bancs, els objectes destinats al culte, els mobles... tot surt de les seves mans de fill de calderer, acostumades a treballar l'aram i el ferro, el llautó i la fusta. Gaudí és un artista global, arquitecte, escultor i artesà, que domina la matèria amb l'esperit del seu art i de la seva vivència profunda. La cripta és un espai que respira Gaudí per tots costats.